Depuis 2001, le dépistage génomique viral du VIH et du VHC est réalisé sur les dons de sang en France. Le dépistage génomique du VHB a été introduit en 2010.
Un virus est un agent infectieux qui se caractérise par son incapacité à se reproduire par division, et requiert donc une cellule hôte pour sa multiplication. Un virus est constitué d'un génome d'ADN ou d'ARN entouré d'une capside protéique et, pour certains virus, d'une enveloppe lipidique issue de la cellule hôte. Le dépistage génomique viral (DGV) consiste à rechercher l'acide nucléique des virus.
Cette technique permet de détecter des infections très récentes, avant même que les anticorps ne soient détectables par les tests sérologiques. Elle a ainsi permis de réduire la fenêtre silencieuse ou fenêtre sérologique (période dans laquelle le germe d'une personne contaminée est indétectable), de 11 jours pour le VIH-1 passant de 22 à environ 10 à 12 jours, de 49 jours pour le VHC passant de 58 à environ 1 à 2 semaines, et de 25 jours pour le VHB passant de 50 jours à environ 2 à 3 semaines.
Technique de DGV
La réalisation du Dépistage du Génome Viral repose sur trois étapes :
- Préparation de l’échantillon : extraction des acides nucléiques
- Amplification d’une séquence spécifique du génome du virus recherché par PCR (polymerase chain reaction) ou TMA (Transcription Mediated Amplification)
- Détection des produits amplifiés
Préparation de l’échantillon
La préparation des échantillons des donneurs de sang consiste en l'extraction des acides nucléiques par la lyse des membranes cellulaires et des enveloppes virales par voie enzymatique (protéinase K), ou chimique (thiocyanate de guanidium). Les acides nucléiques sont ensuite séparés du milieu réactionnel et des résidus plasmatiques à l'aide de billes de silice ou par capture à l'aide de sondes (courts fragments d’ADN ou d’ARN), dont la séquence est complémentaire d’une séquence spécifique de l’acide nucléique que l’on veut extraire.
- Dénaturation thermique
- Hybridation avec un couple d’amorces
- Elongation de chaque amorce par la Taq polymérase
Détection des Acides nucléiques
Selon les plateformes utilisées, les dons peuvent être regroupés en pools avant analyse afin d'optimiser le débit analytique. La taille des pools dépend de la méthode utilisée et des exigences de sensibilité. Pour les analyses réalisées par TMA, les pools sont composés de 8 échantillons alors que pour la PCR, 24 échantillons sont analysés par pool.
Pour la technique de TMA, les amplicons sont détectés à l’aide de sondes marquées à l’ester d’acridinium. La lecture est effectuée par chemiluminescence en milieu alcalin.
Limites de la DGV
La DGV a permis de détecter la présence de virus, avant l'apparition des anticorps chez le donneur. Mais lorsque le nombre de virus est trop faible, la DGV ne permet pas de détecter la présence de ces virus. Cela peut être le cas en début de contamination ou lors de séroconversion.
La capacité de détection dépend des séquences ciblées par les tests et peut être affectée par la variabilité génétique des virus.
Enfin, l'acide nucléique a pu être dégradé lors du prélèvement des échantillons, à cause de la présence d'inhibiteurs dans le prélèvement, comme l'héparine. Cependant, les prélèvements transfusionnels utilisent habituellement du plasma prélevé sur tubes adaptés, limitant ce risque.