Le Comité national de sécurité sanitaire (CNSS) a été créé par la loi n° 98-535 du 1er juillet 1998 relative au renforcement de la veille sanitaire et du contrôle de la sécurité sanitaire des produits destinés à l'homme. Cette loi a profondément réorganisé le dispositif français de veille et de sécurité sanitaires à la suite des crises sanitaires des années 1990.
Le CNSS était chargé d'analyser les événements susceptibles d'affecter la santé de la population et de confronter les informations disponibles. Il avait également pour mission de contribuer à la coordination de la politique scientifique de l'Institut de veille sanitaire (InVS) et des agences françaises de sécurité sanitaire compétentes dans les domaines des produits de santé et des aliments. Il était placé sous la présidence du ministre chargé de la Santé et réunissait notamment les responsables des organismes concernés par la veille et la sécurité sanitaires.
Le CNSS constituait ainsi un dispositif de coordination et d'analyse des risques sanitaires, permettant de favoriser la circulation des informations entre les différentes institutions sanitaires. Il ne faut toutefois pas le présenter comme l'organisme chargé à lui seul de « gérer toutes les crises sanitaires », car ses missions relevaient principalement de la veille, de l'analyse et de la coordination.
Le système français de santé publique a ensuite été profondément réorganisé avec la loi n° 2016-41 du 26 janvier 2016 de modernisation de notre système de santé. Cette réforme a conduit à la création de Santé publique France, officiellement mise en place le 1er mai 2016 par l'ordonnance n° 2016-462 et le décret n° 2016-523, en remplacement de cet organisme.